Khởi đầu, chùa Long Hoa chỉ là một cái am nhỏ, vào năm 1902 chùa được mở rộng về diện tích với loại vật liệu nhẹ, thô sơ (vách ván, mái lá). Đến năm 1957, chùa được xây dựng, trùng tu với quy mô lớn với thiết kế đơn giản theo kiểu nhà ở thông thường, tường gạch, mái tôn.

Hòa thượng Thích Đức Long tên thế tục là Phạm Trung Tuyên, sinh ngày 12 tháng 5 năm 1906 tại quận Cái Bè, tỉnh Định Tường (nay là huyện Cái Bè, tỉnh Tiền Giang). Hoà Thượng là người sớm giác ngộ lý tưởng cách mạng. Lúc đầu, ông hoạt động cách mạng ở quận Cái Bè, tỉnh Định Tường (nay là huyện Cái Bè, tỉnh Tiền Giang) và là cán bộ Mặt trận Việt Minh huyện Cái Bè. Vào năm 1954, Sau khi cơ sở Việt Minh huyện ở Cái Bè bị lộ, ông tạm lánh đến khu vực Nhà Bè để ẩn nấu và tu học tại chùa Long Hoa và trở thành vị trụ trì đầu tiên của chùa Long Hoa.

Năm 1965, đồng chí Vũ Vạn Tranh (Bảy Vạn, Bảy Khởi, Bảy Sậy) là cán bộ tuyên truyền, đồng chí Hoa Văn Hết (hay còn gọi Hoa Văn Tân, Mười Tân, Mười Xìu, bí thư xã Phú Mỹ năm 1964, huyện ủy viên từ năm 1967) cùng một số đồng chí ủy viên Huyện ủy Nhà Bè vận động Hòa thượng Thích Đức Long gây dựng chùa Long Hoa làm cơ sở cách mạng của Huyện ủy huyện Nhà Bè.

Lịch sử hình thành:

          Chùa Long Hoa được hình thành trước năm 1902, ban đầu chỉ là một cái am nhỏ - được xây dựng, mở rộng thành Long Hoa Cổ Tự - trở thành căn cứ cách mạng của Huyện ủy Nhà Bè – phát triển thành chùa Long Hoa ngày nay và được công nhận là Di tích lịch sử cấp Thành phố.

Từ một căn cứ nhỏ hoạt động cách mạng của Huyện ủy Nhà Bè, chùa được Hòa thượng đã cùng đồng chí Bảy Vạn và một số đồng chí ủy viên Huyện ủy Nhà Bè trực tiếp đào hai căn hầm bí mật trong chùa, làm nơi ẩn nấp mỗi khi xảy ra biến cố và cũng là nơi hội họp của các đồng chí hoạt động cách mạng.

          Một căn hầm ở vị trí bên dưới tượng Phật Di Lặc, cách vách tường bên trái ngôi chính điện cũ khoảng 5m. Hiện nay, căn hầm này đã bị lấp, chỉ còn lại dấu tích miệng hầm. Một căn hầm ở vị trí dưới bệ thờ Phật Thích Ca tại chính điện của chùa. Ngôi chính điện Long Hoa Cổ Tự này (ngôi chính điện chùa cũ) hiện nay còn lưu giữ, dấu tích căn hầm gần như còn nguyên vẹn (thuộc khu vực bảo vệ 1 của di tích); đến năm 1997 chùa đã xây dựng ngôi chính điện mới ((thuộc khu vực bảo vệ 2 của di tích).

          Thời kỳ kháng chiến chống Mỹ, chùa là cơ sở bí mật của địa phương, nuôi giấu cán bộ cách mạng rất an toàn, đây là điểm liên lạc của lực lượng du kích địa phương. Chùa được bao bọc bởi vòng bao quanh chùa là kênh rạch chằng chịt, địa thế hiểm trở, rừng cây um tùm, rất khó phát hiện.

Mô tả cảnh quan hiện hữu:

          Hiện nay, Di tích lịch sử cấp Thành phố Chùa Long Hoa có tổng diện tích khu đất 11741,3 m2; Khu A: 10739,7 m2; Khu vực B: 1001,6 m2; Hiện trạng sử dụng: 207 m2….

Chùa có cổng Tam quan, đến sân Rồng, qua sân Rồng tiến vào là chùa Long Hoa chính điện mới được xây dựng vào năm 1997 ((thuộc khu vực bảo vệ 2 của di tích); bên phải là Ngôi chính điện Long Hoa Cổ Tự (ngôi chính điện chùa cũ) hiện nay còn lưu giữ, dấu tích căn hầm gần như còn nguyên vẹn (thuộc khu vực bảo vệ 1 của di tích) và khu trường nuôi dạy trẻ mồ côi Long Hoa.

Quá trình phát triển đến thời điểm hiện nay:

          Sau khi Hòa thượng Thích Đức Long mất (năm 1980), một thời gian dài chùa không có trụ trì, không có người trông coi nên chùa bị xuống cấp trầm trọng. Sau đó Ủy ban Mặt trận Tổ quốc huyện Nhà Bè tiếp quản, giao cho tập đoàn sản xuất quản lý. Năm 1986, chùa được giao cho Giáo hội Phật giáo huyện Nhà Bè quản lý và do Hòa Thượng Thích Viên Giác tên thế tục là (Huỳnh Văn Chà) sinh năm 1928 trụ trì. Hòa Thượng Thích Viên Giác có nhiều công lao trong việc xây dựng chùa Long Hoa chính điện mới được xây dựng vào năm 1997 ((thuộc khu vực bảo vệ 2 của di tích) và khu trường nuôi dạy trẻ mồ côi Long Hoa ngày nay.

     Trường nuôi dạy trẻ mồ côi chùa Long Hoa chính thức được thành lập vào năm 1995, chùa nhận nuôi dạy trẻ mồ côi từ 4 đến 10 tuổi, hiệu trưởng là Hòa thượng Thích Viên Giác. Hiện nay, chùa nuôi dạy 106 trẻ em mồ côi, trong đó có 08 em đang học đại học, 03 em đang học cao đẳng, một số em đang theo học nghề, các em còn lại đều được đến trường.

          Năm 2000, chùa thành lập Phòng chuẩn trị y học cổ truyền từ thiện. Trong khuôn viên chùa hiện có Cơ sở sản xuất nước uống đóng chai chùa Long Hoa, do Hòa thượng Thích Viên Giác làm giám đốc. Hiện nay do Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam Quận 7 quản lý.

Các hiện vật có giá trị hiện nay còn lưu giữ:

Hiện nay, chùa còn lưu giữ các bực tượng Phật gắn với lịch sử xây dựng chùa, đặt tại ngôi chính điện cũ (Long Hoa Cổ Tự), như:

          - Tượng Phật Thích Ca, bộ tượng Di Đà Tam Tôn gồm: tượng Phật A Di Đà, tượng Đại Thế Chí bồ tát ở vị trí bàn thời Tam bảo;

          - 05 tượng La Hán được đặt trong khung kính, gắn ở vị trí hai bên vách tường chính điện;

          - Tượng Tổ Sư Đạt Ma gắn trên vách tường và tượng Địa Tạng Vương bồ tát cưỡi Thanh Sư ở gian nhà cốt.

Sự kiện nổi bật đã diễn ra tại đây

- Lễ Phật Đản 15/4 âm lịch;